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Existen muchas posibilidades para organizar la información en el mapa, aquí se enumeran algunas de las más utilizadas:
Estructura Lineal
  • Estructura Jerárquica
  • Estructura Mixta Jerarquica-Lineal
  • Estructura Concéntrica
  • Hipermedial

a estructura puede ser explícita y se implementa a través de menús textuales, botones que resalten al pasar el ratón sobre ellos, o textos que se iluminen o tengan algún cambio al presionarlos. Esta implementación obliga a que la información esté organizada linealmente.
Otra posibilidad es que la estructura sea implícita y se implementa usando el contenido para navegar, usando las gráficas como mapas de contenido y utilizando el hipertexto como modalidad de relacionar la información.